Čeprav imajo grafitni lončki lastnosti, kot so visoka nasipna gostota, odpornost na visoke temperature, hiter prenos toplote, odpornost na kislinsko in alkalno korozijo, visoka trdnost pri visokih temperaturah in odlična odpornost proti oksidaciji, je njihovo čiščenje po uporabi lahko težavno, zlasti pri predelavi določenih surovin.
Prvi korak pri čiščenju grafitnega lončka je odstranitev kemičnih snovi v notranjosti, čemur sledi čiščenje. Metoda čiščenja je odvisna od vrste ostankov, ki ostanejo v lončku. Na splošno so usedline na grafitnih lončkih anorganski ostanki zgorevanja, ki jih je mogoče očistiti s klorovodikovo kislino, saj je večina topnih. Vendar nekateri ostanki, ki vsebujejo ogljikove komponente, niso topni v klorovodikovi kislini. V takih primerih lahko za čiščenje uporabimo dušikovo kislino, saj ima močne oksidativne lastnosti. Med postopkom čiščenja se lahko uporabi tudi ogrevanje.
Snovi, ki jih je še težko očistiti, lahko prekuhamo v razredčeni klorovodikovi kislini ali razredčeni dušikovi kislini. Upoštevajte, da uporabljena klorovodikova kislina ne sme vsebovati oksidantov, kot so dušikova kislina, nitrati ali halogeni. Če razredčena dušikova kislina še vedno ne zadostuje za čiščenje, lahko za čiščenje uporabite staljeni kalijev pirosulfat, natrijev karbonat ali boraks.
Grafitni lončki morajo biti čisti, notranja in zunanja površina mora biti svetla in sijoča. Po dolgotrajnem segrevanju lahko zunanja površina lončka postane motna, sčasoma pa ta motnost prodre v notranjost, zaradi česar postane lonček krhek in poči. Zato je treba vse nečiste snovi odstraniti. Če so še vedno madeži ali je površina motna, površino nežno zdrgnite s finim peskom, ki je prešel skozi sito s 100 odprtinami in je brez ostrih robov, z vodo kot mazivom, da povrnete sijaj površine.